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永禄6年9月（1563年）勃発、永禄7年1月15日（1564年）馬頭原合戦を経て同年春に和睦
三河国（現・愛知県岡崎市周辺、本證寺・上宮寺・勝鬘寺の三河三ヶ寺を中心に）
勢力
松平家康軍
一向一揆勢（本願寺門徒・三河三ヶ寺）
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三河国には本願寺教団に属する有力寺院として、本證寺・上宮寺・勝鬘寺のいわゆる「三河三ヶ寺」が存在していた。これらの寺院は松平広忠（家康の父）の代から「守護使不入」という特権を認められており、領主の支配権が及ばない一種の治外法権的な領域として機能していた。桶狭間の戦い（1560年）で今川義元が討死し、今川氏の支配から独立を果たした松平家康は、三河国内の統一支配を急速に進めようとしていたが、この過程で三河三ヶ寺の特権は家康による領国一円支配の実現を阻む障害として浮上することになる。
永禄6年（1563年）、家康の家臣・菅沼定顕が兵糧確保のため上宮寺から強制的に米を徴発したことが発端とされ（発端には本證寺での不入権侵害など諸説がある）、寺側と松平方との緊張が急速に高まった。三河三ヶ寺は本願寺門徒の結集拠点として、家康の支配強化に強く反発し、ついに武力衝突へと発展することとなる。
三河三ヶ寺のうち本願寺教団の中でも特に有力であった本證寺は、周囲に堀と土塁を幾重にも巡らせた「城郭寺院」としての構造を備え、平時から一種の軍事拠点としての機能をあわせ持っていた。このような城郭化した寺院が三河各地に存在した背景には、本願寺中興の祖・蓮如以来、東海地方に広く浸透した浄土真宗門徒の強固な信仰共同体の存在があった。門徒たちは信仰にもとづく強い団結心のもと、領主権力に対しても容易に屈しない結束力を有しており、これが三河一向一揆における予想以上に頑強な抵抗の背景となった。
永禄6年9月、三河三ヶ寺を中心とする本願寺門徒衆が蜂起し、三河一向一揆が本格化した。空誓（本願寺中興の祖・蓮如の曾孫とされる本證寺住職）が一揆勢の精神的支柱となり、門徒衆を率いて家康の本拠・岡崎城に迫る勢いを見せた。
この一揆が家康にとって特に深刻であったのは、単なる宗教勢力との対立にとどまらず、家康自身の家臣団の中から少なからぬ者が信仰上の理由から一揆側に与したことである。後に徳川家の重臣として辣腕を振るうことになる本多正信をはじめ、蜂屋貞次・夏目吉信らも一時的に一揆側へ回った。家臣が主君と信仰のいずれを選ぶかという深刻な選択を迫られたこの内紛は、家康の権力基盤を根底から揺るがしかねない危機であった。一方で、石川数正のように浄土真宗の信徒でありながら浄土宗に改宗して家康方にとどまり、主君への忠誠を貫いた家臣も少なくなかった。
家康は動揺する家臣団をまとめ上げながら、一揆勢の攻勢に対する防戦を続けた。家康自身も各地を転戦して一揆勢の切り崩しを図った。当時の家康はまだ20代前半の若き当主であり、今川氏からの独立を果たしたばかりの不安定な立場の中でこの内紛に直面したことは、その後の統治手腕を鍛える試練であったとも評されている。半年近くにわたる一進一退の攻防の末、永禄7年（1564年）1月15日、両軍は馬頭原（現在の愛知県岡崎市）で決戦に及び、家康方がこれを制する勝利を収めた。この勝敗を機に一揆勢の勢いは急速に衰え、和議への機運が高まっていった。
馬頭原合戦での敗北を受け、一揆勢は家康との和睦交渉に応じた。家康は一揆に加わった家臣たちを寛容に赦し、報復的な処罰は最小限にとどめたと伝えられる。この和睦により三河一向一揆は約半年間の戦いに終止符を打った。なおこの赦免・和議の解釈をめぐっては、寺領安堵を装いつつ実質的には寺院の武装解除・統制強化を狙った政治的措置であったとする見方もあり、単純な温情策としてのみ捉えるべきではないとする指摘も研究者の間でなされている。
しかし和睦後、家康は三河三ヶ寺をはじめとする本願寺教団の寺院を破却または他宗派への転換を命じ、三河における本願寺教団の活動を事実上禁止した。この禁制は天正11年（1583年）に至るまで20年近く続くことになる。一揆の際に一時出奔した家臣の一部は、後に家康のもとへ帰参を許され、本多正信のように後年、家康の側近中の側近として重用される者も現れた。
本多正信は一揆鎮圧後、しばらく三河を離れて諸国を流浪したと伝えられるが、後年家康に呼び戻されて帰参を許され、以後は家康の関東入部から江戸幕府創設期に至るまで、内政・外交両面にわたる知恵袋として重用されるようになる。一時は敵対した家臣が、後に主君の最側近として重きをなすという展開は、三河一向一揆が単なる軍事的な内紛にとどまらず、後の徳川家臣団の人材配置にも長い影響を残したことを示す好例といえる。
三河一向一揆は、家康が生涯で経験した数少ない「家臣団分裂」の危機として、後世しばしば言及される事件である。主君と信仰の板挟みという困難な状況に直面しながらも、最終的に多くの家臣が家康のもとへ帰参し、結束を取り戻したことは、家康自身の求心力の強さと、危機を乗り越えるための柔軟な処断（過度な報復を避けた寛容な赦し）の巧みさを示す事例として評価されている。この経験は、後年家康が豊臣政権下・江戸幕府の統治において宗教勢力との関係を慎重に扱う姿勢にも影響を与えたと考えられている。
三河一向一揆を乗り越えたことで、家康は三河国内における支配権をようやく確立し、以後は遠江・駿河方面への勢力拡大へと本格的に乗り出していくことになる。加賀一向一揆・長島一向一揆と並んで、戦国期における本願寺教団と大名権力との緊張関係を象徴する事件の一つとして、三河一向一揆は日本近世史における一向一揆研究の重要な事例であり続けている。
同じ戦国期に本願寺教団が主体となって蜂起した一揆としては、加賀一向一揆（百年近くにわたり本願寺門徒が事実上の自治を敷いた事例）や、織田信長を長く苦しめた長島一向一揆が知られている。これらと比較すると、三河一向一揆はおよそ半年という短期間で終結し、地域全体を巻き込む長期的な自治体制の樹立には至らなかった点で性格を異にする。一方で、大名の家臣団そのものが信仰を理由に主君から離反するという内部分裂の様相を色濃く呈した点は、三河一向一揆に特有の性格であり、後年家康が宗教統制に慎重な姿勢を取る一因になったとも指摘されている。三河一向一揆はこうした比較の中で、一向一揆研究における独自の事例として位置づけられている。
現在も愛知県岡崎市周辺には、三河一向一揆の舞台となった本證寺・上宮寺・勝鬘寺の伽藍が残り、当時の攻防の記憶を今に伝えている。本證寺は周囲に堀と土塁を巡らせた城郭寺院としての構造を今も見ることができ、寺院がいかに軍事拠点としても機能しうる存在であったかを物語る貴重な史跡となっている。境内は国の史跡に指定され、本堂は愛知県の、鼓楼は安城市の文化財に指定されており、地域の歴史教育や郷土史研究の拠点として、今なお多くの見学者を迎えている。三河一向一揆は、家康の生涯における数少ない苦難の一つとして、大河ドラマをはじめとする歴史作品でもたびたび取り上げられ、戦国期三河の武士と信仰の相克を伝える題材として今日も親しまれている。